Gunnar Wichmann (Leipzig), Ekaterina Vorobeva (Leipzig), Susanne Wiegand (Leipzig), Andreas Dietz (Leipzig), Matthäus Stöhr (Leipzig), Veit Zebralla (Leipzig), Markus Pirlich (Leipzig), Theresa Wald (Leipzig)
Background: PRESERVE is a joint transnational multidisciplinary project on personalized medicine in the ERA PerMed framework utilizing artificial intelligence (AI) for new signatures and models for tailored larynx organ preservation (LOP) approaches in advanced laryngeal/hypopharyngeal cancer (LHSCC).
Methods: Retrospective analyses of radiomic and molecular signatures of LOP-trial patients before induction-chemo from computed tomography imaging, gene expression and mutation patterns in tumor specimens but also their genetic background, i.e. human leukocyte antigens (HLA) and haplotypes, will be used for multiscale profiling and predictive modelling to derive a multi-omic signature facilitating patient stratification before tailored LOP. Part of PRESERVE is to identify prognostic HLA traits using CareDx AlloSeq Tx17 Kits for NGS-based HLA typing.
Results: Out of 52 DeLOS-II patients, 45 had sufficient amount and quality of leukocyte DNA for six-digit high-resolution typing. We confirmed the prognostic value of the HLA score from low resolution typing for 5-years progression-free survival (PFS) published before [1] regarding 10-years PFS and overall survival (OS). Additionally, superior PFS of AH8.1 carriers and inferior PFS of DR2 carriers were detected (both p ≤ .05).
Conclusions: The genetic background of LHSCC patients predicts longtime PFS and OS after LOP. Inclusion of HLA-typing into diagnostic processes to obtain radiomic and molecular signatures before tailored LOP is intended and shall be validated within the prospective part of PRESERVE, a phase IIa feasibility trial for tailored LOP.
[1] PMID: 29868484 doi: 10.3389/fonc.2018.00168
Hintergrund: PRESERVE ist ein transnationales multidisziplinäres Projekt zur personalisierten Medizin im Rahmen ERA PerMed und nutzt künstliche Intelligenz (AI) für neue Signaturen und Modelle für maßgeschneiderte Larynx-Organerhalt (LOP)-Ansätze bei fortgeschrittenem Larynx/Hypopharynxkarzinom (LHSCC).
Methoden: Retrospektive Analysen von radiomischen und molekularen Signaturen von LOP-Studienpatienten vor Induktionschemo anhand von CT-Bildern, Genexpression und Mutationsmustern in Tumorproben und deren genetischer Background, d.h. HLA-Antigenen und Haplotypen werden für Multiscale-Profiling und prädiktive Modellierung genutzt, um Multi-Omic-Signaturen zur verbesserten Patienten-Stratifizierung vor LOP zu entwickeln. Über NGS-basierte HLA-Typisierung mit CareDx AlloSeq Tx17 Kits sollen prognostische HLA-Traits identifiziert werden.
Ergebnisse: Von 52 DeLOS-II-Patienten konnte Leukozyten-DNA von 45 Patienten hoch aufgelöst (6 Digits) typisiert werden. Wir bestätigten den prognostischen Wert des HLA-Scores aus Low-Resolution-Typisierung für 5-Jahres Progressionsfreies Überleben (PFS) [1] bezüglich des 10-Jahres PFS und Gesamtüberlebens (OS). Desweiteren fanden wir überlegenes PFS von AH8.1-Carriern und schlechtere PFS von DR2-Carriern (beide p ≤ .05).
Schlussfolgerung: Der genetische Background von LHSCC Patienten bestimmt Langzeit-PFS und OS nach LOP. Einbeziehen von HLA-Typisierung in die Diagnostik zur Definition radiomischer und molekularer Signaturen für maßgeschneiderte Induktion zum LOP ist intendiert und soll im prospektiven Teil von PRESERVE, einer Phase-IIa-Machbarkeitsstudie, validiert werden.
[1] PMID: 29868484 doi: 10.3389/fonc.2018.00168
Die Autorinnen und Autoren geben an, dass kein Interessenkonflikt besteht.